結論から書くと、残念ながらできません。
一度作ったアカウントのプロトコルは、Thunderbirdでは変更不可っぽいです。設定画面でもそもそも編集できないような扱いになっています。

なのでPOPまたはIMAPに切り替えたい場合は、新たにアカウントを作ってそちらの設定を希望のプロトコルにします。
POP→IMAPな切り替えだとちょっとアレですが、IMAP→POPな切り替えだと、設定直後にメールサーバーに残っているメールを全て取得してきてくれるので手間いらずです。
新しいPOPのアカウントを設定した後、IMAPの古いアカウントは丸ごと消しちゃってOK。以降はThunderbirdでも昔のメールを見ることができます。

おそらく、だいたいの人はIMAP→POPな移行だと思います。
うっかりIMAPで設定しておいてメールサーバーの容量オーバーしちゃった的な理由で。
POPでもサーバーにメール残したままにしておくので、IMAPにする理由はないと思います。個人的にPOP推奨。