普通にiframe内のコードをjavascriptで動的に修正すると、修正前の状態が履歴に残るらしいです。
このままだとブラウザの「戻る」ボタンを押したとき、一旦修正前の画面を挟んで元の画面に戻るので見栄えや操作性が悪い。
じゃあiframe内での動的変化の履歴を残さないようにすればいいんじゃないか、ということでいくつか検索してみた結果が以下。

・JavaScriptで履歴管理
http://d.hatena.ne.jp/tkkochan/20080613/1213377282

・履歴に残さない画面遷移
http://jsdo.it/ginpei/fGjv

iframe内の動的変化をlocation.replaceで実装すれば履歴に残さずに遷移が可能、ということだそうです。