Smartyのテンプレートをいじっていたら、ここでPHP使いたいなー、みたいな場面があることでしょう。
そういうときは、{php}{/php}でPHPのコードを囲めば普通に使うことができます。
以下サンプル。

——————————–
{php}
include(’hoge.php’);
{/php}
——————————–

そして、JSやCSSを挿入したいときは{literal}{/literal}で囲みます。
例えばJSの場合。

——————————–
{literal}
<script language=”JavaScript” type=”text/javascript”>
//<![CDATA[
alert('test');
//]]>
</script>
{/literal}
——————————–

まあ基本、JSとCSSは外部ファイルにして読み込めば問題ないはずですが。
PHPはテンプレート中に埋め込まざるを得ないときがあるので、結構使えると思います。