なんか初めての現象だったんですが、あるサーバーにFFFTPを使ってアクセスして.htaccessファイルを置いたら、転送された形跡はあるのに表示されませんでした。
何回アップしても見えない.htaccess。

DirectoryIndexを変なファイル名に変えるとエラーになるので、とりあえず.htaccessは存在はしてちゃんと動作してるっぽい。
念のためsshで覗いてみたらちゃんとありました。

サーバーの設定なのかどうなのか分かりませんが、次の手順を実行したら見えるようになったのでメモっておきます。

１．ホスト一覧画面で、該当のホストを選ぶ
２．設定変更→「高度」のタブを開く
３．「LISTコマンドでファイル一覧を取得」のチェックを外す

とりあえずこれで見れました。
察するに、「LISTコマンドでファイル一覧を取得」のチェックが入ったままだと、オプションなしのlistコマンドが実行されるから.htaccessや.htpasswdが出ないんじゃないかと。
でも、他のサーバーではこのチェックが入ってても表示されるんだよなあ・・・。

正直よく分かんないです。見れればいいや。