さっさと解決したかったので深いところまでは調べていませんが、こういったメッセージが表示されるのはApplication Loader自体にバグがあるからだそうです。
だから、Application Loaderをインストールし直せばOK。
自分もこの間このエラーが出たので、一旦Application Loaderを削除してインストールし直すと動きました。
面倒ですが、一旦きちんと動作してしまえばその後はしばらく楽になるので最初は辛抱しましょう。

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